重庆绘就全球首张家蚕超级泛基因组图谱
2022-10-10 09:56:26来源:重庆日报编辑:胡明珠责编:冯薇薇

  原标题:重庆绘就全球首张家蚕超级泛基因组图谱 率先创建“数字家蚕”基因库,开启家蚕分子育种新纪元

  重庆在家蚕基因组研究方面再获重大突破。10月9日,西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室主任、国家蚕桑产业技术体系首席科学家代方银教授团队发布消息称,该团队已完成家蚕大规模种质资源基因组解析,成功绘就全球首张家蚕超级泛基因组图谱,并率先创建“数字家蚕”基因库,开启家蚕分子育种的新纪元。

  代方银表示,超级泛基因组是一个物种所有基因组信息的总和,它比单一参考基因组涵盖更多的遗传多样性。因此,绘就家蚕超级泛基因组图谱,对深化功能基因组研究、种质创新等意义重大。

  为了全面反映桑蚕的所有基因组信息,从2019年开始,该研究团队对1078份各类蚕种质资源进行了深度二代测序,并对其中545份代表性资源进行了三代测序,鉴定4300余万个SNP(单核苷酸多态性)、930余万个Indel(插入缺失标记)、340余万个结构变异和7308个新基因(家族),由此绘制了一个高精度家蚕泛基因组图谱。

  “团队完成基因组测序的家蚕材料,涵盖全世界90%以上的家蚕代表性种质资源。”著名蚕遗传育种专家、中国工程院院士向仲怀表示,这些材料含有丰富的表型多样性,包括不同茧丝产量质量、生长发育、抗病抗逆、体型体色等。

  因此,“数字家蚕”基因库就像一本完整的参考书。以前,科学家们鉴定家蚕特定性状的基因或研究其因果变异时,犹如“大海捞针”。现在,“数字家蚕”基因库里的超级泛基因组为他们提供了“精细网格化”的“坐标”指导。科学家要揭秘家蚕的特征特性,就像是“查字典”,可以快速、精准地找到负责表型的基因组序列。

  业内人士称,家蚕含有大量具有重要经济价值的素材,具有广食性、抗病抗逆、高转化率等特性,应用家蚕超级泛基因组可规模化挖掘家蚕重要经济性状相关序列,对家蚕设计育种具有强力的支撑作用。

  据悉,该研究成果的相关论文于今年9月24日在国际名刊《自然通讯》在线发表。论文评审专家认为,该超级泛基因组囊括了目前最全面的家蚕和野桑蚕基因组信息,是迄今为止全球动植物领域最大的长读长泛基因组。(重庆日报记者 李志峰)

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